Государственная Дума Федерального Собрания Российской Федерации установила следующую процедуру обсуждения предложений о выдвижении обвинения против Президента Российской Федерации:
«доклад председателя Специальной комиссии Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по оценке соблюдения процедурных правил и фактической обоснованности обвинения, выдвинутого против Президента Российской Федерации (далее - Специальная комиссия);
содоклад депутата Государственной Думы, уполномоченного депутатами палаты, внесшими предложение о выдвижении обвинения против Президента Российской Федерации;
содоклад Президента Российской Федерации или полномочного представителя Президента Российской Федерации в Государственной Думе;
содоклады членов Специальной комиссии, имеющих особое мнение по заключениям Специальной комиссии;
выступления приглашенных на заседание экспертов и других лиц;
выступления депутатов Государственной Думы;
заключительное выступление депутата Государственной Думы, уполномоченного депутатами палаты, внесшими предложение о выдвижении обвинения против Президента Российской Федерации;
заключительное выступление Президента Российской Федерации или полномочного представителя Президента Российской Федерации в Государственной Думе;
заключительное выступление председателя Специальной комиссии;
выступления представителей депутатских объединений в Государственной Думе».
(см.: Постановление Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации от 12 мая 1999 г. № 3937-II ГД «О процедуре обсуждения предложений о выдвижении обвинения против Президента Российской Федерации» // СЗ РФ. 1999. № 20. Ст. 2415).

Утвердив повестку дня, депутаты приступили к рассмотрению единственного включенного в нее вопроса - о выдвижении обвинения против Президента Российской Федерации, которое началось с доклада В.Д.Филимонова председателя Специальной комиссии Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по оценке соблюдения процедурных правил и фактической обоснованности обвинения, выдвинутого против Президента Российской Федерации.
Затем были заслушаны содоклады депутата Государственной Думы, уполномоченного депутатами палаты, внесшими предложение об обвинении, В.И. Илюхина и полномочного представителя Президента Российской Федерации в Государственной Думе А.А. Котенкова. После перерыва с содокладами выступили члены специальной комиссии, имеющие особое мнение, Е.Б. Мизулина и С.А. Попов
В оставшееся до конца заседания время В.Д. Филимонов, В.И. Илюхин и А.А. Котенков ответили на многочисленные вопросы депутатов.
(см.: Хроника заседания 13 мая 1999 г. // Официальный сайт Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации. - http://transcript.duma.gov.ru/node/2371/).

Всего было выдвинуто пять пунктов обвинений:
«1. Подготовка, заключение и реализация Беловежских соглашений. Признаки преступления, предусмотренного ст. 64 УК РСФСР (заговор с целью неконституционного захвата власти).
2. События сентября – октября 1993. Заговор с целью захвата власти (ст. 64 УК РСФСР, ст. 278 УК Российской Федерации), превышение полномочий, сопряженное с насилием, умышленное убийство при отягчающих обстоятельствах (ст. 102 УК РСФСР, ст. 105 УК Российской Федерации).
3. Организация военных действий на территории Чечни. Превышение полномочий, совершенное с применением оружия, с причинением тяжких последствий (ст. 171 УК РСФСР, ст. 2 и 286 УК Российской Федерации).
4. Ослабление обороноспособности и безопасности России. Злоупотребление должностными полномочиями, повлекшее тяжкие последствия (ст. 285 УК Российской Федерации).
5. Действия, приведшие к геноциду российского народа. Злоупотребления должностными полномочиями, направленные на полное или частичное уничтожение национальной, этнической, расовой или религиозной группы (ст. 285 и ст. 357 УК Российской Федерации)».
Государственная Дума Федерального Собрания Российской Федерации не смогла набрать необходимого числа голосов ни по одному из пяти пунктов выдвинутых депутатами обвинений.
(см.: Стенограмма заседания 15 мая 1999 г. // Официальный сайт Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации. - http://transcript.duma.gov.ru/node/2366/).